1991年，乌兹别克斯坦正式独立，随后加入亚足联。中国队首次与这支中亚球队交手便遭遇了一次惨痛失利。1994年10月16日，国家队在广岛亚运会决赛中遭遇乌兹别克斯坦，一上来便被对方打了个措手不及，8分钟内连丢两球，尽管随后由胡志军以及黎兵先后将比分扳为1比2与2比3，但最终还是2比4输掉了比赛。

　　两年后的1996年12月6日，在阿联酋亚洲杯中，国家队与乌兹别克斯坦同分在一个小组，小组赛首战两队便交锋，现在看来当时那支国家队可谓人才济济，却再一次败下阵来，比分是0比2。值得一提的是，那届亚洲杯国家队小组赛两负一胜，最后一场输给了无心恋战的日本，但却因叙利亚发挥公平竞赛精神击败乌兹别克斯坦而幸运出线，这也算得上是国足在国际足坛为数不多的幸运时刻之一。

　　2002年世界杯预选赛，国家队终于迎来了在国际A级赛中对乌兹别克斯坦的首场胜利，2001年9月15日在沈阳凭借李玮峰在第63分钟，以及范志毅在第75分钟的进球主场2比0取胜，吴承瑛在那场比赛中吃到红牌。一个月后再战塔什干，已经拿到出线资格，顺利挺进世界杯的国家队并没有排出全部主力，最终0比1不敌对手。

　　2007年3月27日，国家队在澳门与乌兹别克斯坦进行了一场热身赛，上半场韩鹏头顶脚踢连下两城，下半场毛剑卿制造对方乌龙，国家队3比1取胜。但短短四个月后，在亚洲杯小组赛最后一轮中，国家队再度倒在了“打平就出线”魔咒前， 被对方在最后20分钟时间内连进3球，0比3惨败，27年来首次在亚洲杯小组赛阶段便被淘汰，而这场失利也直接导致了主帅朱广沪的下课。