弗格森接手时的曼联不折不扣地说就是一片废墟。阿特金森四年虽然带给了曼联两座足总杯，但是他的松散管理和大手大脚已经让曼联到了要钱没钱要人没人的穷途末路。当时俱乐部主席爱德华兹签下弗格森只是抱着试试看的心理，不仅薪金签得极其低廉，而且甚至不愿意替他还清拖欠阿伯丁俱乐部一笔4万英镑的借款。曼联的窘境可见一斑。甚至在弗格森战绩最糟糕的时候都没有被解职也或多或少占了自己物美价廉的光。

　　弗格森45岁就任曼联主教练做的第一件事就是树立自己主教练的权威。为了终止屡禁不绝的酗酒恶习，他不惜和队中的大牌直接冲突。第一个赛季他一个人也没买把队伍从倒数第二带到第11。然后他就通过老关系和个人魅力便宜的买来麦克莱尔和安德森、布鲁斯等人。随着这些嫡系逐渐成为主力，弗格森在队伍中的影响力越来越大。两年后他将不服从他的麦克格拉斯和怀特赛德先后清除出队。这引起了无数球迷和媒体的集体大骂。但是随着这些事情，弗格森逐渐实现了他对队伍的绝对掌控。对于一个废墟上的球队来说，服从和执行才是最重要的。

　　执教之初，窘困的曼联没钱引进大牌球员，弗格森在苏格兰的声望在英超也不怎么好使。于是，弗格森半被迫的重新恢复了巴斯比爵士后一度荒废的青训系统。而这项工作耗时费力，弗格森带队6年才联赛夺冠和这关系重大。当时弗格森和助手诺克斯风餐露宿奔波于英格兰各少年赛事的赛场，发现好球员还会经常上门说服家长将孩子送到曼联。弗格森最著名的弟子吉格斯就是这样被弗格森上门招揽从曼城挖了过来。早期的弗格森确实为了孩子们殚精竭虑，他为孩子们制定食谱，甚至亲自带孩子们和一线队一起训练。这些早期的工作在出成绩之前注定不为人知，但是随着92黄金一代的崛起，弗格森的青训大获成功。甚至直到今天，弗格森还在吃当年的老本。

　　球队的战术方面弗格森也花了很多年时间进行尝试。他带队第二年采用更为保守的功利足球战术，结果球队获得了联赛第二，但是场面的难看让主场上座率一再下降。后来弗格森痛下决心，坚定的举起进攻大旗。代价虽然是球队连续在联赛十几名徘徊和三年颗粒无收甚至他自己都险些出师未捷身先退。但是时至今日，曼联的球风深受全世界球迷的喜爱。同时，一个苏格兰人带领的英格兰球队，弗格森对于本土球员的重视也是其他几个豪门无法比拟的，当然这也是曼联俱乐部的历史。但是弗格森将这个风格发扬光大。到如今，每一届英格兰国家队铁打的主力11人中至少两三人是出自曼联。相比这一点，不论阿森纳还是切尔西都要逊色不少。

　　重建球队，尤其是在不推倒的基础上重建是极为艰难的。弗格森为这项任务花费了六年时间。这六年间，弗格森完成了从阵容从斯特拉坎，布莱恩·罗布森到马克·休斯，坎通纳加吉格斯，因斯和舒梅切尔的转变。六年间，弗格森在曼联完成了足总杯，联赛杯和联赛的英格兰大满贯和俱乐部历史上唯一一个欧洲优胜者杯。到了92年，随着吉格斯等年轻一代的崛起，坎通纳和因斯等实力强援的加盟，曼联称霸90年代的班底已经初步建立起来了，弗格森含辛茹苦艰苦创业的日子也基本告一段落。