火箭本赛季遇到的第二个麻烦就是伤病，接连不断的伤病让火箭的球迷们一度怀疑。本赛季火箭是否会像去年的火箭一样？结果火箭顽强地用一场又一场的胜利给出了答案。

　　伤病是毒害火箭2005-06赛季最大的“罪魁祸首”，姚麦失去健康后，输球、队内矛盾等一系列的问题便接踵而至。而2006年12月24日，火箭主场战快船的比赛刚打了5分多钟，姚明便胫骨受伤离场，而麦蒂因背伤已连续缺席了7场比赛。

　　火箭庆幸的是，伤病袭击姚麦的时间总能错开，能保证两位核心基本能始终有一人率队作战。简单地用数据对比：

　　麦蒂单人率队作战31场，火箭20胜11负；姚明单人率队7场比赛，火箭2胜5负；姚麦双缺的比赛，4场，火箭0胜4负。

　　可以看出，火箭没有姚麦才是最致命的。而且伤病还先后袭击过斯奈德、海耶斯、穆大叔、威尔斯等球员，但火箭的胜利却在一直持续。在胜利的前提下，斯潘诺里斯、诺瓦克等人无法为被闲置而抱怨，威尔斯在赛季初耍了两次大牌，到头来还是被范甘迪收拾得毫无脾气，自己在4月10日火箭击败超音速的比赛中玩起了失踪，最终受到了火箭禁赛本赛季包括季后赛的剩余比赛的处罚。

　　火箭并非没有隐忧，末节惊魂成为火箭本赛季最大的问题，输掉的比赛多是在末节被逆转，而赢下的比赛也有多场是前三节大比分领先，最终险些被翻盘的险胜。尤其在赛季初时表现得更为严重。但17日击败太阳一役，火箭赢得5连胜的同时，很好地解决了末节崩盘的问题，在和联盟第二的球队对抗时，姚麦末节仍能珠联璧合，这解决了火箭末节崩盘的问题，本赛季后半段该问题也有了明显的改善。