武汉退出中超之后引发了一系列连锁反应，虽然联赛秩序并未因此完全失控，但其后遗症却频频发作，这也直接影响了整个联赛的质量和水平。而在如何治疗后遗症的问题上，中国足协目前还没有拿出切实有效的措施。因此，争议和混乱也一直伴随着联赛后程的每轮比赛。

　　赛程、排名问题多多

　　首先是武汉退出后的赛程和各队积分排名等的调整。对此，中国足协曾经招集各俱乐部老总召开联席会，虽然最后对积分和赛程调整达成了一致，但对于各俱乐部而言，这次会议的实质性意义并不大。对于赛程和积分的调整，中国足协事实上基本有了一个基调，召开会议也并不是倾听各俱乐部的心声，只不过是走个程序避免引发民愤。而事实上最后出台的赛程和积分调整的方案并不能完全照顾到所有俱乐部的利益，反而随着联赛的深入而愈发让一些俱乐部怨声载道，这些情况的发生是有关方面之前没有预料到的。

　　比如对于广州广药队，他们在对武汉队的比赛已经获得了六分，而按照武汉退出之后的积分重计办法，其他所有球队不管跟武汉队有没有过交手，他们都能够拿到六分，这对于已经全力拿到六分的广药来说并不公平。再有就是赛程调整之后，广药将面临一个连续客场作战的魔鬼赛程，而且他们将交手的每一个对手都在上一轮有一个轮空，也就意味着他们可以以逸待劳迎战广药。这极大地引发了广药的不满。面临同样情况的还有河南四五队，他们也将面临一个连续客场作战的命运，因此他们会在一个更长的时间在外漂泊而不能回到郑州的主场。再有就是为保级而战的辽宁队也报怨这次积分重算实际上极不利于辽宁，保级对手平白无故地长了分数，而自己辛辛苦苦拿来的三分却不如对手天上掉下来的馅饼。凡此种种。总之联赛越到最后，种种问题暴露得就越来越明显。

　　“问题球”频频引发争议

　　还有就是引发争议的广药与长春队的比赛。这场比赛引发了多方争议，但对于这场比赛的定性，中国足协却一直没有拿出一个说法，在广药队对外道歉这一危机公关之后，一场问题球从此便成为尘封历史。但没人会想到这样不了了之的后果如何。在联赛后期，一些问题球很可能会越来越多，如果对于有疑点的比赛不进行深究或者严打的话，很可能会纵容好事者再引事端。到时候人家就可能拿广药队当挡箭牌。当然，足协在处理武汉退出上的草率还给了俱乐部更多口实。比如广药，你说（我们）不全力踢比赛，但那么多客场比赛等着呢，我们能不保存实力吗？所以归根结底还是武汉退出后遗症在作怪。

　　目前联赛已近收官，因此争议球也就越来越多，有些矛盾开始变得尖锐。由于本赛季涉及升降级，加上夺冠形势愈发扑朔迷离，因此任何一个看似很小的举措出台都可以引起蝴蝶效应，而武汉退赛本身对于联赛而言就是一个大事件，其善后处理更应慎重，绝不能发一纸行政指令草率了事，而应该对于可能出现的问题有足够的准备和判断。但自从武汉退出之后，有关方面却未能真正把善后工作做好，也没有对未来可能出现的问题做出预判，从而造成近几轮比赛的许多场次出现失控。俱乐部对于裁判员判罚的争议，对于规则漏洞的质疑，外界对于疑似假球的批评之声不绝于耳，直接影响了联赛秩序。