阿里·汉执教中国队时,作为当时唯一能在英超立足的中国球员,孙继海并没有得到汉的重用。在关键比赛中,孙继海打不上主力,就算替补登场,也被安排在前腰甚至前锋等不熟悉位置。为此,孙继海的父亲孙亮宗在接受某电台采访时,骂阿里·汉是“饼才”。
2004年亚洲杯之前,孙继海执意请假,要跟父亲练习体能,错过了国家队与黎巴嫩的第一场热身赛,这也让将帅关系更加恶化。在亚洲杯上,孙继海没能进入前两场小组赛的先发阵容。2004年10月13日,世预赛中国队客场对阵科威特,孙继海仍然坐在替补席上。在一球落后的情况下,阿里·汉只给了孙继海15分钟时间,最终国足输掉了最关键的一场比赛。