在新方案中，中国足协成立“职业联赛理事会”来对职业联赛进行管理，理事会下设执委会，执委会由设置执行局，同时下设一个全新的 “执行局”，执行局长将由中国足协推荐担任。在取消中超(微博)中甲委员会后，执行局下又成立了一个竞赛部来负责管理联赛，同时还下设媒体公关部和联赛发展部，同时执行局还负责赛区委员会的管理。

　　理事会由中国足协协会代表、俱乐部代表、地方协会代表中超公司代表及特邀社会专家代表组成，原则上一年召开一次全体会议。理事会主席由中国足协指派一名副主席担任。待条件成熟后，可采取民主选举的方式产生。理事会主席专职管理职业联赛的日常工作。理事会选举产生执行委员会委员。

　　下设的 “执委会是理事会全体委员会议的执行机构”，执委会由19人组成，包括中国足协和地方协会代表、中超和中甲俱乐部代表、中超公司代表和专家代表组成。同时足协纪律委员会、裁判委员会和医学委员会派驻工作组。中国足协提名执行局局长人选，理事会执委会通过并任命。