连续挑战纳达尔未果的费德勒需要在草地球场重拾自信，他再一次卫冕哈雷公开赛成功，但是夺冠历程却非常坎坷，其中不仅连续打了四场三盘大战，还险些输给加斯奎特、哈斯、伯蒂奇等人，和奥-罗切斯的比赛中甚至还送给了对手两个赛点。与此同时，纳达尔在女王杯的比赛中也杀入了八强，随后在和休伊特的四强之争中退赛，这也让西班牙人的温网之旅蒙上了阴影，不过两周后他却用精彩的表现震惊了全英俱乐部。

　　温网第二轮比赛中纳达尔就险些被肯德里克淘汰，两人苦战五盘才决出胜负，然而这却是西班牙人晋级道路上受到的唯一阻碍，虽然他的签位有些运气的成分，但是连续直落三盘的前进过程让所有人感到目瞪口呆。相比而言，费德勒却先后遭遇了加斯奎特、亨曼、伯蒂奇、安西奇等草地高手，不过如日中天的瑞士人还是以一盘未失的战绩和纳达尔相遇决赛。

　　决赛中，费德勒开局就送给了对手一枚鸭蛋，但是纳达尔显然并没有受到影响，在第二盘比赛中展开反击，并且还率先破发瑞士球王。视全英俱乐部为自家花园的费德勒还是通过抢七拿下了第二盘，第三盘比赛中两人再度来到抢七，西班牙人抓住机会扳回一城。2006赛季纳达尔的草地实力完全还不能对费德勒造成威胁，瑞士人随后以6-3拿下第四盘，从而完成了温网四连冠的伟业。尽管夺冠的道路上有惊无险，但是纳达尔在草地球场的进步却让所有人感到吃惊，其中也包括当时对草地赛季形成统治的瑞士人。

　　温网过后，费德勒和纳达尔在积分榜上依然有着2135分的差距，瑞士天王依然有着高处不胜寒的感觉。大满贯过后，两位冠军都进入了假期，直到北美硬地赛季才重返赛场。纳达尔在2006夏天的战绩非常糟糕，罗杰斯杯第三轮不敌伯蒂奇，辛辛那提大师赛次轮败在了费雷罗拍下。费德勒虽然在多伦多夺冠，但是决赛中也险些输给加斯奎特。随后的辛辛那提大师赛中，首战就输给了英国新秀穆雷。虽然此前瑞士人就已经疲态尽露，但是这场失利还是被打上了冷门的标记。

　　辛辛那提大师赛后，费德勒连砍41场胜利，这个纪录超越了2005赛季。这一连串的连胜纪录也让人们把费德勒看作是统治ATP的国王。毫无疑问，连胜中取得的第一项冠军在法拉盛，费德勒以3-1击败了罗迪克问鼎美网冠军奖杯，纳达尔却仅仅取得了八强的战绩，这也导致两人在积分榜上的分差再度拉大至2495分。

　　美网后的戴维斯杯比赛中，费德勒帮助瑞士队重返世界组，保级过程中还横扫了塞国天才德约科维奇。虽然这位东欧少年一个赛季后就成功击败了瑞士球王，但是早在2006赛季他还不是费德勒的对手。转战亚洲赛场，费德勒又在东京收获一个冠军头衔。进入年末的室内硬地赛季后，费德勒先是在马德里大师赛中夺冠，随后在巴塞尔折桂，首尝在这项家乡赛事中夺冠的感觉。巡回赛进入收官阶段，费德勒与纳达尔双双退出巴黎大师赛，他们新一次的较量出现在上海大师杯中。从小组赛成功突围的两人在半决赛中相遇，费德勒轻松挑落世界第二，决赛中他又击败布雷克，重夺大师杯冠军。

　　费德勒的2006赛季最终在豪取29连胜后结束，这无疑也是他统治ATP之后最成功的一个赛季。在2007赛季初，瑞士人还将继续他的连胜脚步。年终排名榜上，费德勒以8370分高居榜首，第二名纳达尔落后他3900分之多，这也是有史以来出现的最大分差。在2006赛季中，费德勒共取得了92胜5负的战绩，胜率几近95%。大满贯比赛中，瑞士人尽管依然没有征服法网，但却以绝对的优势捧走了其余三座奖杯。在世界排名的较量中，西班牙红土之王也被他远远的甩在了后面。虽然在随后的一个赛季中，费德勒的统治力度就开始逐渐削弱，但至少在2006赛季，他的霸权地位依然还是不可撼动的。

　　(Simone)