2003年广州醉酒遭罚：2003年12月13日，世界乒乓球巡回赛总决赛在广州举行。在男双比赛被淘汰出局的当晚，邱贻可在事先没有向中国乒乓球队请假的情况下，被一赞助商请出吃宵夜，直到凌晨时分喝得醉醺醺地被人送回宾馆，惊动了正在准备第二天比赛计划的男队主教练刘国梁。事后，邱贻可遭到了国家乒乓球队10000元罚款、停赛半年、留队察看一年的处罚。四川乒乓球俱乐部也对邱贻可进行追加处罚5000元，并取消当年四川优秀运动员的评选资格。
2005年“铁岭事件”：2005年7月16日，四川全兴俱乐部客场挑战辽宁铁岭裕路俱乐部。由于对当值主裁刘伟的判罚不满，邱贻可等人在第5场比赛期间冲进球场质问裁判，造成现场观众情绪不稳定，影响了比赛的正常秩序。比赛结束后，邱贻可等人再次冲进场内和主裁理论，场面再度引发混乱。中国乒协再次给邱贻可开出罚单，全国通报批评，取消参加超级联赛最佳运动员的评选资格，并处以5000元罚款。
2006年“军训事件”：2006年在国手男乒1月进行的首次队内大循环赛中，邱贻可仅排名第11位，但那次比赛中他出人意料地战胜了王励勤等几大主力，而且表现出的投入程度和强烈的求胜欲望让刘国梁感到惊讶。谁想，在随后的时间里邱贻可再犯老毛病，不假外出。最终，刘国梁在宣布全队春节放假5天决定的同时，将他与李虎、杨晓芙这两位一贯表现比较松散的队员一起送入军营，军训10天。
