从成立俱乐部以来，辽足几乎每年年终都会遇到诸多麻烦，被足协甚至球队下通牒。球员的签约、转会、工资奖金、俱乐部的硬件设施等等历来都能让俱乐部顾此失彼。
辽足总成焦点
由于辽足没有大企业作后盾，所以受到市场因素干扰也最为明显。一旦赞助商拖欠
款项，俱乐部就会遇到大困难。每年年底，俱乐部与球员的劳资纠纷经常闹得沸沸扬扬。而在足协出台了有关必须解决拖欠的硬性规定之后，俱乐部被逼无奈必须在年底解决工资奖金的问题。另外在中超资格问题上，辽足在2003年、2004年都遭到了足协的通牒，好在经过辽宁省体育局、辽宁省体院出面才保住了中超资格。而2005年年底将近，辽足一年一度的闹剧再次上演。“辽足的问题不仅仅是辽足本身的问题，是多种因素造成的，出现这样的尴尬局面也是正常的。而辽足又是一个高度透明的俱乐部，内部的危机都被曝光。又因为辽足的地位特殊，所以关注度很高。所以，每年年底，辽足都成为焦点。”
不止辽足如此
纵观中国足坛，与辽足面临同样问题的俱乐部其实并不少。在中超俱乐部当中，四川冠城、上海国际、深圳健力宝等俱乐部都存在拖欠球员工资的问题，而诸如实德、申花、国安等豪强俱乐部也存在拖欠的问题，但是他们拖欠的周期相对较短，不容易引人注意。
在中甲俱乐部当中，这种拖欠的问题相当严重，比如被足协注销参赛资格的陕西国力俱乐部，以及更早一些的哈尔滨蓝格、目前苟延残喘的湖南湘军和在南京一天不如一天的南京有有等。对于烧钱性质的足球俱乐部来说，如果没有充足的资金，一般来说都无法按期发放球员的工资奖金。
而在目前的各家中超俱乐部当中，除了辽足之外，都有当地政府为其提供的训练用地，基本不存在无家可归的问题。至于各家俱乐部与外援、外教的劳资纠纷也普遍存在，只不过辽足俱乐部的曝光率较高。更为关键的是，辽足没有任何特殊背景，背后没有大企业作后盾，内部事务也高度透明，这也是国内绝无仅有的。
