“那么闷热的天，上海还没有入秋啊！”在联赛最后一轮前的申花康桥基地，不少人都在感叹上海的天气。而人心中的天气，则和身边的大环境完全不同。2006赛季的申花，早早地进入了秋天———一个多事之秋，这也难怪主教练吴金贵会在获得联赛亚军后感叹“不容易”。
足球界的一个赛季，其实严格说来应该从去年11月———吴金贵代替涅波出任主教
练开始算起。当时董事会给予了球队“保三”的指标，而事实上其中也隐含着“争一”的期望。在海南集训时的一次聚餐，申花从总经理到领队再到主教练，都举杯期待———“我们争取年底喝庆功酒”。对于申花而言，亚军有点家常便饭的意思，或许还够不上“庆功”的意味。
从去年年底，一切按部就班地进行，在总经理吴冀南的企业家手笔下，内援的引进相对而言比较顺利。而外援在忽然放走马丁内斯之后，一下子成为了真空。因为在投入方面的额度，申花错过了一些响当当的球员，最终落脚的是拉米雷斯和尤万。两人的表现有些高开低走的意味，不过洪都拉斯国脚还是用进球数来证明自己。此时，“佩特赔款案”忽然曝光，事件出于两任经理的衔接问题，100万美元的赔款引起了对球队内部和外部的一片不满，让俱乐部颇为狼狈。同时，球队的主场两连平，也让志在高远的申花有些失望。在被联城逼平、客场被深圳击败后，吴金贵第一次遭遇下课危机，而俱乐部人事方面的一些矛盾也因为成绩不佳而逐渐展现出来。
5月份，对于申花而言是一个利好的时光。在这个月，申花队在联赛中一片走高，已经从联赛的五六名进入前三。但是，门将刘云飞也在这个时候选择第一次出走，受到了处罚。球队引进了扬克尔，最终除了1万美元的红牌罚款，德国人还是拿走了全额50万美元的薪水。这单外援引进，再次成为中国足球史上的失败之作。随后，联赛随着世界杯和国家队的集训走走停停，申花队的比赛状态也在其中起起伏伏。刘云飞最终对申花不告而别，而俱乐部也用以重典，处罚三名一线队员下了预备队。毛剑卿通过这样的处罚，最终觉醒，为申花的最终夺亚贡献了力量，而以他为代表的新一代国奥逐渐在申花队内成长起来。
亚冠八强战的出局，让申花队没有能够在国际赛场创造历史，而李玮峰的红牌让他成为焦点人物。队内杜威、孙祥等球员的受伤，让球队一度非常被动。可以肯定的是，在赛季结束后，将有球员离开申花队。而“朱广沪代替吴金贵”的传言，也在一定程度上体现了俱乐部内部的一些纷争。亚军能够带给申花什么样的变化，接下来的一个月会有所交代。
