2003年6月4日，34岁的孙军正式被吉林东北虎俱乐部任命为总经理，这样他在篮球圈内已有四种身份：队员、助理教练、校长和总经理。他这次来京作赛之余，向记者谈点儿“当官的体会”。
“作为助理教练，我主要负责全队的建设工作。我们对球队进行半军事化的管理，因为新的赛制要求我们必须在管理上下工夫，才能取得更好的成绩。同时我们根据科学的训
练方法，制订了恢复计划、夏季训练计划等来提高运动员在新赛制下的对抗能力。”
上任之初，孙军曾跟当时的恒和集团上层领导谈到他就任的条件：一是要把队员拖欠工资全部补齐，二是从此按时发放队员和工作人员的工资，三是保证队伍的训练场馆，锻炼年轻队员不能给太硬性的指标。可是，对于面临倒闭的恒和集团来说，这几个条件都几乎成了空谈。说到担当起俱乐部总经理的事情，孙军对记者说：“当教练也好，当总经理也好，这对我来说是个机会。”对于孙军来说，更多的是挑战与责任。
当着篮球学校校长的孙军为了吉林东北虎的梯队建设费尽苦心。在长春这样一座篮球城市，玩篮球的好苗子不少，可是，谁都不愿意把自己的孩子送到一个连工资都开不出来的俱乐部，很多篮球运动员都走出了长春，还有一些孩子练习篮球就是为了升学，而不是为了从事专业篮球运动。所以，孙军在建立东北虎二队和三队的过程中十分被动。他几乎考核了长春所有的高中联赛的队员，到十几家学校的篮球队挑选队员，才算是把吉林东北虎二队撑了起来。另外，为了挖掘篮球人才，他又与长春的一所实验学校签了协议。
2004年10月初，就在其他家俱乐部积极备战CBA联赛的时候，吉林队却因为原所属恒和集团的倒闭而面临危机，不得不走上拍卖的道路。偌大个俱乐部在经过估价后，竟然面临着无人竞拍的尴尬。面对如此严重的问题，孙军寝食难安，他开始为东北虎俱乐部奔波，为了保住俱乐部，他自己拿出了一百万。那时候，很多人不理解他，认为他是太傻。而一百万这个数字，是他与一名主力队员推心置腹的聊天时说出来的。在那之前，没人知道他为俱乐部掏出这么多钱。后来，问题解决了，吉林队没有因为钱的问题而退出甲A，吉林的球市依然火爆，而这一切，都是这位东北虎当家人的功劳。
谈到篮管中心最近推出的新举措，孙军说：“下赛季‘准入制’即将实施，是职业化篮球发展道路上的必然必然趋势，但是在一些细节问题上还需要斟酌。”
“新的赛制，对队员年纪偏大的队伍不太有利。年轻队员打比赛的机会多了，这样他们就可以在比赛中尽快成长。
他认为，吉林队今年制定的目标是‘保四争三’，但队伍的新老交替仍未完成，不如广东、山东队，所以目前他们的成绩不是很理想。但他相信到明年或者后年，吉林东北虎会焕然一新。(阎云峰）
