赔款
由于2004年与外援佩特解约时违反合同规定，申花被判向佩特支付100万美元的违约金。今年3月1日，申花向国际体育仲裁法庭指定的账户注入100万美元。“没钱发奖金，却把钱赔给外援。”不少球员都对此事很有看法。联城老板朱骏也在首回合德比前借此事炒作：“除非申花要回这100万美元给球员发奖金，否则申花不可能赢联城。”
伤病
本赛季申花多名核心球员受到伤病困扰。上赛季最佳射手谢晖年初前往比利时手术后迟迟找不回状态，孙祥在与联城首回合德比时左膝内侧副韧带受伤，经过手术后孙祥休息了4个月才复出，缺席了申花1/3比赛。孙祥刚复出后，杜威又在上海国际锦标赛与马竞的比赛中右腿两根韧带撕裂，至今仍在比利时进行恢复治疗。多名核心球员的伤病直接影响了申花本赛季的成绩。
处罚
双停、三停、下放预备队，申花本赛季开出罚单数目刷新了历史纪录。5月12日，刘云飞因逾期不归，被俱乐部处于“停赛、停薪”并下放预备队的处罚。6月29日，重新归队后不久刘云飞又在世界杯假期后推迟归队时间被处以“停赛、停训、停薪”的处罚。客场输给厦门后，申花又因为纪律问题对门将虞伟亮、前锋毛剑卿和张玉宁做出了下放预备队的处罚。
砸车
7月14日凌晨2点左右,也差不多就是申花队1比2负于厦门队比赛结束后7个小时左右，吴金贵停在康桥基地的宝马车被损。此后被申花下放预备队的毛剑卿成为砸车的最大嫌疑人，小毛之后洗脱了嫌疑，但“宝马门”事件折射出申花内部混乱程度。
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