鲁能在管理体制上经历了三个发展阶段。第一个阶段是1994至1996年，实行的是政府管、体委办的模式，由济南市政府每年出资300万元，冠名为“山东济南泰山足球俱乐部”，俱乐部日常管理和经营归省体委负责。这一管理体制虽然仍带有计划经济的烙印。

　　第二个阶段是1996至1997年，实行政府管理、企业赞助的模式，由济南将军集团每年赞助600万元，俱乐部更名为“济南泰山将军俱乐部”，仍由省体委负责管理和经营。

　　第三个阶段1998年至今，实行企业化管理、商业化运营模式。1997年12月，山东省体委与山东电力集团公司协商，将原济南泰山足球俱乐部无偿移交山东省电力集团公司管理并改组为股份有限公司。1998年1月5日，俱乐部以及球队挂牌成立。控股单位为山东鲁能控股集团公司，注册资金6619万元。刘振亚出任足球俱乐部股份有限公司董事长(后被曹培玺取代)，邵克难任俱乐部总经理。

　　俱乐部是中国第一家与市场接轨并独立运营的足球俱乐部，坚持高标准定位，积极与国际足球俱乐部接轨，确立了“股份化改组，商业化运营，企业化管理，规范化运作，创一流成绩，树山东形象”的经营宗旨。

　　山东队最早的教练是殷铁生，此后，金正男、桑特拉奇、可可维奇、鲍里斯和涅波先后执教了球队。在6位教练中，率领山东队获得了1999年“双冠王”的桑特拉奇的成绩最好，但在2000赛季，他也被解职，而当时的老总邵克难也随后下课，董罡接任总经理至今。(华安）