2004年，马加特正式入主拜仁慕尼黑俱乐部，随后的赛季，拜仁在国内赛场重新夺回了04年失去的联赛冠军，并在05-06赛季成功卫冕。很不错的成绩，是的，不仅仅在联赛上，德国杯的连续两次拿到冠军，让拜仁成为了双冠王，一切都让拜仁在德国国内的战绩显得那么的突出，德甲霸主的地位似乎根本无法动摇。

　　但德国国内的成功，并不是马加特可以夸耀的功劳，看看马加特时代的拜仁队，在阵容上，在德甲还是首屈一指的，在这种状况下，拿到竞争并不算十分困难的德甲联赛冠军和德国杯冠军，可以说，是个基本的保证，拿下是应该的，不拿下，才是错误。而在欧洲赛场上，那里才是考验主帅真正能力的地方，但遗憾的是，马加特的欧战经验基本还停留在他作为球员的那个时代。作为教练，他带领汉堡，纽伦堡，法兰克福和不莱梅的时候，基本都是以救火队员的身份出现的，真正崛起在斯图加特，也并没有在欧战方面有什么真正的经验积累。结果就是，拜仁为马加特的欧战经验积累，连续交了几年的学费。

　　作为俱乐部，拜仁算是很体面的了，在欧战屡屡不利情况下，马加特还算不错的国内战绩让拜仁并不想立刻就将其扫地出门，比起在切尔西拿不到欧冠，地位岌岌可危的穆里尼奥，他的日子不算难过。被解职也是因为他在本赛季的国内战绩也让拜仁无法接受，才落得个中途下课的结局。

　　马加特的拜仁，在战术上，常常选择很强势的4-3-3强攻弱队，在对阵强手时，往往会换阵4-4-2，这在对付经验上同样不是十分优秀的曼齐尼的国际米兰时，曾起到一点作用，让拜仁在梅亚扎拿走一个2比0，但在不同阵型的选择上，马加特往往显得有些摇摆不定，频繁的在不同阵型中轮换，让球员们对自己的职责也不太明确，结果很明显，拜仁在对阵弱队时，往往打的很是沉闷，压着对手打却无法在比分上体现出优势，还常常被小球队的反击掀翻在地，很多场的胜利，都是靠一些球星的个人能力来解决问题的，比如赛季前半段，在欧战中皮萨罗的抢眼表现，挽救的不仅仅是拜仁，还有马加特。而在对阵强手时，马加特在战术上缺乏明确的战术核心的问题就更突出了，强行和对手对攻的做法不能算错，但对攻的时候却显得没有章法，混乱中往往只是以一种拼命的架势与对手肉搏，这分明就带着马加特在小球队执教时的痕迹，但这对于拜仁这样的球队来说，很难想象球队能从中得到多大的成绩，而拜仁的球员们又能从中学到些什么。

　　马加特在拜仁执教的日子里，拜仁队员中，范布伊滕在拜仁不但没有什么进步，在防守中还常常出现不该有的失误，即使他再多进几个球，又能让人们忘记他在失误后摇头的情景吗？拉姆，在全欧洲为他惊艳的目光中，来到拜仁，但随后的表现呢？进攻上还算不错，但防守上，在他身后暴露的是整个拜仁的后防线软肋。波多尔斯基，曾被德国人亲切的称为波尔蒂王子，但现在呢？可怜的勒夫都得对一个德国未来之星摇头叹气。

　　但即使在被解职后，马加特还曾经指责拜仁对其不公平，对其国内赛场曾经的成绩视若无睹般将其踢走，但却没想想，拜仁这样的球队，究竟应该定位在什么样的位置上，征战于什么样的赛场上。这种思维，恐怕也是注定了他在执教中所会遇到的瓶颈。

　　在马加特执教的时代，拜仁队在整体上几乎没有什么进步，而在某些位置上，甚至还有所退化，这无论是对于一个球队的成长，还是对一些球员的成长来说，无疑都是致命的。几年下来，拜仁已经是积重难返，本赛季的联赛失败，其实只是几年来问题的积累，这当中，马加特看来是应该承担起自己的责任。罗马不是一天建成的，而反过来说，冰冻三尺，亦非一日之寒。