2005赛季结束后，作为政府代表的广州市体育局、广州市足协与作为广州足球俱乐部投资商的日之泉公司，爆发了一场对俱乐部控制权的争夺战。广州足球俱乐部目前的股份状况是日之泉占70%，香雪制药占30%，其中香雪的股份是前几年冠名投入所换来的干股，目前已不再投入。如果控制股权就意味着只要收回日之泉手中的35%以上股权。
日之泉不愿望看到这种局面，他们希望依托体育局和足协的力量，帮助球队解决经
营上的不利局面，同时也能得到体育局在场地、设施等各方面提供的优惠；体育局则希望通过足协在财力、物力和人力方面的支持和对俱乐部的管理，能尽快使这支球队冲上中超。两年来，体育局和广州足协在财力、人力和物力方面付出的也不少，比如每年提供给俱乐部的宿舍、训练场地及其他方面有近400万元的投入，2005赛季为俱乐部拉的胸前背后广告也有500万元。但是，球队最后的成绩总与体育局的期望有一定距离，体育局内的另一种声音则认为，以日之泉的经济实力，难以保证球队顺利冲超。于是，体育局和足协觉得，要想确保俱乐部按照自己的信念来行事，首先必须把俱乐部控制在自己手中，由自己来控制球队。
从目前的进展看，由于离注册日期越来越近，广州体育局一方要重新寻找一家企业接手俱乐部的时间也越来越少，尤其是像美资公司这样的涉外交易更要花费不少时间，所以2006赛季极可能还是由日之泉负责操作。
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